南京名门望族罗氏家族三个同父异母和同母异父的兄弟，因上一代的情感恩怨天各一方。1937年，日军的蹄铁践踏中华大地，家破人亡、流离失所的三兄弟机缘巧合的再次相见。国难当头，三兄弟放弃个人恩怨，在兄长共产党员顾世民的带领下，利用各自优势所长，在抗战大业中屡立奇功。一次突发事件，罗也夫查出日军正在秘密研制“觉醒剂”化学武器，欲以自杀式人肉炸弹轰炸重庆指挥中心。罗也夫凭借自己的专业知识，勇敢地打入敌人内部。期间，他受到恋人的误解，同胞们的责骂，危机四伏的杀机。最后罗也夫、顾世民、罗也君三兄弟携手抗敌，凭借坚强的信念，不屈不饶的狼性精神，成功炸毁了日军化学武器军工厂 。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
