第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
十八年前，她和他，是大小姐和小厮。十八年后再次重逢，她是小丫宛月，他是大少爷张寒意。此时的他们，一个带着复仇之火，一个在冷落与屈辱中埋下颠覆家族的野望。两朵黑莲花在黑夜中相遇，只为彼此绽放，卷入刀光剑影的豪门厮杀--老爷的冷落，大太太的迫害，三太太和二少爷的暗算.…宛月与张寒意一次次陷入绝境，又一次次绝处逢生，两人相互扶持，一步步走向权力的巅峰，一步步走向只剩下彼此刀剑相向的结局，然而宛月怎么也没想到，张寒意早已认出了她，更不知道多年前，从大火中救她出来的人就是张寒意。
1988年，正值改革开放的大时代，张尚儒在台湾的工厂面临人事成本问题难以继续经营，经评估决定带弟弟张弘圣前往中国大陆追求中国梦。张尚儒在大学时期有个铁哥们赵长城，两人因同时爱上刘千荭，兄弟间的感情从此生变。经多年磨练，赵长城在优式集团担任总经理，前往广东设厂后，遂运用自己的资源抢走张尚儒的客户，让张尚儒兄弟两的事业风云变色，面临经营危机。张尚儒在最沮丧的时候，身为儒学大师的村书记张念文，传授张尚儒许多儒家思想，让张尚儒在面临产业危机及赵长城的打压时，均能调整心态产生正能量，度过对手打压、经济危机难关，并让赵长城自食恶果被优式集团解雇。最终，书记张念文才表明身份，原来，张尚儒的父亲张又文在40年前去到台湾前已结婚生子，生下的儿子就是张念文，张家一家人总算团聚。
第五个季节集中在媒体行业。巴尔的摩太阳报面对利润的下滑、记者和新闻的数量减少、新闻质量下降的困境，如何报道被杀流浪者的新闻专题。第四季结束后的十五个月，市长Carcetti削减警局预算缩减教育赤字迫使案件调查中止。McNulty回到重案组，通过伪造证据制造了流浪者连环杀人案。暗自联系记者，得到社会关注，最终争取到市长支持查案。McNulty 将所得资源分配给警局的侦探使得多个案件取得重大进展……
