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第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
威廉的讲话不仅对法庭产生了影响，也对整个学校产生了影响，因为希勒斯卡学校正面临着学校历史上最严重的危机。
在第一季结尾中，Jaha自愿留在太空中，换来方舟部分人成功降落到地球上的好消息。但百子们却在成功引爆驻地打败地表人后，被抓到气象山的隔离区中……Bellamy和Finn也在与地表人的打斗中生死未卜。而这一季的故事就从气象山、原方舟人和其他地球人种展开来。
达莉亚是一位面临失去父母、沉迷扑克和法律纠纷的女性。当他开始与特勤局合作并找到父亲时，情况发生了变化。
