故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
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天才少女小珍和她的冒险家爷爷发现了“恐龙小岛”，岛上种类丰富的恐龙和睦相处，拥有智慧，能与人类对话。小珍和爷爷建造了最尖端的城市“恐龙小镇”，组建了恐龙救助队“龙宝小英雄”。可是，在恐龙小镇上还有一个坏蛋科学家阿麦，总是给他们惹出了各种事端……
带着容易引起灾难的危险秘宝“魔剑目录”，居无定所的流浪剑士，殇不患。从祖国西幽离开辗转来到了东离之地后，好不容易获得了一时安宁的他，不料被仇敌“祸世螟蝗”得知这个消息，再次陷入危机之中。从遥远的西幽不断接揰而来的异能、异形的刺客们。就在殇不患面对这样的困境之中，身穿红莲之衣谜一般的吟游诗人就此现身。
