《英雄小学》围绕着一群超级学生——“火花小队”展开。在古怪又热情的老师火花先生的带领下，这些小英雄们齐心协力，帮助他人，解决问题，努力让世界变得更美好。当他们自身不完美的能力不足以完成任务时，他们会运用其他能力——科学超能力——来调查、观察、预测，并找到解决方案，最终扭转乾坤！
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随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
