为了从迷之巨大怪物手上守护日本的和平，新干线超进化研究所开发了「新干线变形机器人 辛卡利欧」。 为了防备新的敌人袭来，研究所还秘密开发新型机器人「辛卡利欧Z」。 与「辛卡利欧Z」适合率高的孩子们被选作...
孙悟空为了拯救终年无雨的花果山，孤身前往只招收神仙学员的仙法学院——三星洞，拜师菩提老祖学习变化无穷的仙术。求学期间孙悟空除了交到一群肝胆相照的好友外，还发生了很多欢乐有趣、啼笑皆非的故事。然而此时，东海龙王正在暗中研制药物，通过控制傀儡的意识使之成为无情的杀手，向天庭复仇。孙悟空与他的同学们发现了龙王的阴谋，齐心协力试图阻止这场将会殃及苍生的争斗，与东海龙王展开了上天入海、横跨仙人两界的终极大战。孙悟空也在此次大战中完成了成长与蜕变，领悟了七十二变的真义。
诸神陨落已久，继承“神祇烙印”的灵能者们退居一隅，普通人们安居乐业，逐渐忘却了那些神明的故事。 少年戚歌过着平凡的生活，可他的命运因为一把神秘黑刀而改写，"灭世魔神"路西法竟寄居在他体内，未知的灵能世界逐渐在他面前展开。 命运会将他引向何方呢？又或者，这命运能否由他自己来主宰？ 曾经的“诸神黄昏”到底为何发生，错综的灵能势力里谁才是真的正义？ 为了掌握自己的命运，戚歌与同伴们一同踏上超越诸神的成长之路……
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
