故事发生在北方小城南石市，为了维护法律正义，公安局廖芳华将以薛风、萧琳、鲇鱼头、王泉为首的犯罪团伙抓进了监狱，临近公审，薛风却在转移监舍时被刺，鲇鱼头在越狱时被触电，只有萧琳因为怀孕不适合羁押，不得不放出去监视居住。萧琳为了掩盖自己的罪行，表面装得遵纪守法，暗地里却指使手下黄平安打捞王泉，获取掌握在王泉手里装有自己和薛风犯罪证据的一个优盘，并企图在廖芳华儿子身上下手，搞垮廖芳华的意志，为自己争取时间，达到逃脱法网的目的。廖芳华率领干警层层剥笋，紧紧抓住萧琳犯罪集团内部矛盾，为寻求自保留下的证据线索，排除一个又一个障碍。薛风的秘书张云为求自保，刺杀了萧琳，就在她企图夺回优盘并销毁时，被廖芳华一举
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
对侦缉督察约翰·里弗而言，自己脑袋里的声音和他调查的犯罪一样棘手。
2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略引起了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（即“先民”）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。
