故事发生在大正十四年，那是一个女子地位极其卑微的年代，除了在家相夫教子，女孩们几乎没有别的出路。然而，就是在这样的年代中，不愿为命运所桎梏的大小姐小笠原晶子（中原麻衣 配音）下定了一个可以说是疯狂的决心——成立一支女子棒球队。
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
接下来的舞台是由“血之女王”、“妖狐”、“暴君”三势力统治的无法都市。那里是无赖横行、弱肉强食的世界。为了讨伐吸血鬼们的支配者“血之女王”被姐姐克莱儿带走的希德，因为有机会做出“影之实力者”的行为而兴奋不已……。围绕“血之女王”的阴谋开始展开，无法都市三股势力混杂一起。此外，姐姐克莱儿也被卷入骚乱，暗影庭院也独自采取行动。在极度混沌中，希德不为人知地开始扮演幕后暗影。红月升起，觉醒的时刻到来了……
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高中生日暮窦子（铃川纱由 配音）拥有看见其他人内心颜色的能力，她憧憬着同学作永君（高石明里 配音）身上亮丽的色彩。作永退学后，窦子在小镇的旧书店找到了她，并结识了同样拥有明亮色彩的少年影平路易（木户大圣 配音）。在窦子的提议下三人组成了乐队，开始创作起属于自己的歌曲。因音乐结缘的三人关系逐渐拉进，却也各怀心事：窦子一直隐瞒着自己“能够看见他人颜色”的秘密；作永向家人隐瞒了自己退学的事实，路易则瞒着母亲搞起了乐队……随着校园庆典的临近，从音乐中获得安慰与力量的三人，在日吉子老师（新垣结衣 配音）等人的帮助下，决定用人生的第一场演唱会直面真实的自己。
