初入职场的秦明（张耀 饰）为了调查母亲遇害的谜团时意外被卷入一宗凶杀案，因此结识了安然（汤敏 饰）、林涛（彭楚粤 饰）、环环（马昕墨 饰）等一众法医和警员。剧中每一个案件背后都是一个社会话题，每一个案件独立却又与一个巨大阴谋有着千丝万缕的联系。剧集根据《法医秦明》系列的第一部作品改编。
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
