幸存者们发现岛上存在神秘建筑入口，在杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）的带领下进行探索，强制进入舱门后，发现里面竟然有人，且是杰克曾经在现实中有过一面之缘的戴斯蒙德（亨利·伊恩·库斯科 Henry Ian Cusick 饰），如同看到救星一般，戴斯蒙德留下一串数字密码便跑掉了，而杰克一行则需要接替他的任务——每隔108分钟输入密码以关掉警报。在舱门中，幸存者们找到充足食物，也由一卷录影带了解到这座孤岛的背景，似乎和某个失败的实验有关。另一方面，扎起竹筏试图离开岛屿的迈克尔（哈罗·佩里纽 Harold Perrineau 饰）等人并没有成功驶向深海，而是被潮水带到岛的另一边，发现还有一群机尾的幸存者，他们挟持着迈克尔等人慢慢向营地靠近……
半年间，SNK剧变，总监余英飞离职、门外汉古肇华空降。张家妍虽掌权却难服众。刘艳的公开平台崛起，动摇传统媒体地位，连已入官场的许诗晴亦被卷入新旧媒体的角力。文慧心于此时复出，昭告世人：新闻女王的地位永远不可撼动！
当神秘专线响起，负责接听的你，愿意付出多少代价完成任务？该剧改编自马修·奎克的同名小说，第一季结尾，FBI基层探员彼得·苏德兰（加布里埃尔·巴索 Gabriel Basso 饰）因拯救总统而立下大功。本季中，他将正式成为暗夜行动的一分子，然而，加入这个绝密组织，也意味着投身危机四伏、尔虞我诈的世界。
