高一那年夏天,帆高(醍醐虎汰朗配音)离开位在离岛的家乡,独自一人来到东京,拮据的生活迫使他不得不找份工作,最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久,东京开始下起连日大雨,仿佛暗示着帆高不顺遂的未来,在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命,不可思议的美少女阳菜(森七菜配音)。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高,不久,头顶的乌云逐渐散去,耀眼的阳光洒落街道……原来,阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……
主角意外穿越至与《我的世界》高度契合的方块异世界,这里曾是生机盎然的方块天地,却因“虚空腐化”的蔓延濒临崩塌——腐化之力吞噬方块大陆,扭曲生物形态,就连末地、下界也沦为黑暗巢穴,人类据点仅剩最后一隅,世界步入毁灭倒计时。