少年杨过（浪川大辅 配音）被义父郭靖送往全真教习武，全真教以教规森严闻名武林，无法忍受的杨过私自出逃，在古墓之中邂逅了容貌惊为天人的小龙女（园崎未惠 配音）。随着时间的推移，杨过和小龙女之间渐渐产生了真挚的感情，然而，小龙女深知杨过必须回归江湖，故忍痛离开。悲痛欲绝的小龙女企图自杀，后被绝情谷谷主公孙止救下。公孙止觊觎小龙女的美貌想要娶她为妻，却遭到了依旧深爱杨过的小龙女的拒绝。愤怒的公孙止刺伤了杨过使其中了奇毒，唯一的解药只存在在绝情谷之中。哪知道半路杀出了公孙止的原配裘千尺，裘千尺告诉杨过，只要他能够杀掉自己的杀兄仇人，便可得到解药，而这仇人竟然正是郭靖夫妇。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
