1899年地球遭到了火星人的入侵。火星人高二十多米，拥有先进的武器装备，即将得逞时却没有抵抗住细小的感冒病毒而最终失败。15年后火星人再度入侵地球，并且使用了更为先进的武器。面对强大的敌人，以艾瑞克为队长的ARES战斗小组的成员们爆发出了最大的勇气和力量。武器更胜一筹的火星人最终包围了曼哈顿。在生死关头，喀什尼尔福将军驾驶着被敌人打中的齐柏林飞艇冲向了最后一艘也是威力最大的飞艇。整个城市获救了...
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故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
