本片讲述的是蝙蝠侠(罗杰·克雷格·史密斯 配音)以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成,包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等,他们在高谭市作恶多端,一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌,同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人(Dana Snyder 配音)。除了Animilitia组织,蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人,一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。
灰太狼费尽心思创造出各种发明来捉羊,却屡次失败。于是灰太狼来到发明星球,去抢宇宙级大发明家——妙多多发明的发明战车聚宝号来捉羊。慢羊羊得知后,准备造出另一个聚宝号对付灰太狼。但由于慢羊羊是普通发明家,不仅失败,还因此失去了发明能力。于是,小羊们也来到了发明星球。
熊大曾是森林里的“老大哥”,直到一个不速之客到来,它将自己神力传给了熊强,熊大变成了三人组合内能力最弱者。为了改变现状,他步入了反派陷阱,引发了毁天灭地的危机......