2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
新历 0001 年，神明降临入侵，人类文明 15 年后走向灭亡。大夏守护神林凡，竟意外重回神明降临前三月。这一次，他要率领大夏举国抗神！海洋之神、天空之神、凛冬之神…… 皆将在大夏的钢铁长城、巨炮、熔炉前颤抖，看凡人如何逆袭斩神明！
阿部晴明是一位害羞、爱哭、笨手笨脚的人类老师。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
熊大曾是森林里的“老大哥”，直到一个不速之客到来，它将自己神力传给了熊强，熊大变成了三人组合内能力最弱者。为了改变现状，他步入了反派陷阱，引发了毁天灭地的危机......
