勇敢的男孩小宏接触到魔幻元珠，成为了充满正义感的元珠能力者，他和来自不同时空的少年能力者以及幕后技术智囊们一起，带领盟卡伙伴守护城市和人们。新一季里，自私的外星反派为了复苏自己时空的黑洞行星，不顾大地的安危夺走大量魔幻元珠，引发各种灾害。小宏团结伙伴们一起挺身而出拯救危机，在此期间他们了解到黑洞行星的过去，也用真诚让反派阵营的两位少年能力者逐渐醒悟而成为正义的伙伴，让大地和星际时空重现和平与安宁。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
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