魔贾斯事件已经过去，却又来了新的危机。他就是阿格果。阿格果的邪恶计划是要吸取五个独特异形的神奇能力，透过他们集结起来的力量，让阿格果变得威力无穷，邪恶的破坏阴谋便可得逞。另外，田小班可变身成异形英雄的秘密，被媒体广为报导，现在的小班成为家喻户晓的国际大英雄，深受世界各地的小孩爱戴。不过同时也有很多成年人不相信他，怀疑他真正的能力。成了国际知名的超级英雄，小班必须学习如何面对狂热的粉丝，还有那些视他为麻烦的大众。幸好，田小玟和凯文总是在小班的身边陪伴他。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
