征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪…
以蓉城市刑侦总队特别行动小组——机动组为故事核心，无论是精心策划的女明星自杀案、机关算尽的入室盗窃案、天衣无缝的金屋藏毒案、步步陷阱的毒贩袭警案……就算罪犯指东打西、狡计百出，也逃不过刑警的火眼金睛。
1943年夏，为巩固抗日力量，军分区紧急行动，派贾大力回到战略要地牛家村发展新成员和建立新的游击组织。阴差阳错，日军军事专家横山混入沐城时被守军抓获，国共日三方都为横山事件制定了紧急行动，派出各自人马秘密赶往沐城，在牛家村遭遇。战后，国共双方人马损失殆尽，只剩下葛云、沈冰和贾大力三人。为完成任务，三人继续赶往沐城。在残酷的战争中，他们为解放沐城赢得决胜的战机。
云台弟子云襄苦修十年步入江湖。在闯荡江湖的过程中，云襄结识了几位好友，逐渐体会到了友谊的温暖。舒亚男这位古怪精灵、聪慧机警的女子，更是让云襄产生了朦胧的情愫。意气风发的云襄和朋友们度过了一段快意恩仇的时光。可是好景不长，随着对昔日灭族惨案的深入调查，云襄挖出了更多骇人听闻的秘密，事态开始急转直下。他先后经历了欺骗、背叛与生死离别，又意识到曾以造福苍生为己任的云台早已堕落，云襄决定挺身而出,捍卫心中的正义，哪怕是牺牲自己也在所不惜。
