真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
叶家废柴少主叶凡丹田被废，受尽屈辱，在遍尝人间冷暖以后，获得了虚假的记忆与强大的力量，仍坚守本心，最终踏上拯救苍生的旅途。
米娜与爸爸约翰一直都是两人相依为命，直到爸爸遇见了他人生的新幸福 - 海伦！约翰跟海伦即将结婚，米娜也有了新姐姐珍妮，从此她的世界变得乱七八糟。珍妮又是个超坏心的女孩，一直想赶走米娜的豚鼠好朋友，米娜沮丧地不想跟新姐姐一起生活。某天晚上，米娜意外闯进梦里的...
世王集齐了世言铠，恢复了往昔的强大力量，他企图违背自然规律，加速进化进程，让“毁灭之力”席卷世界。灵犀令牌被毁，十阶冲破封印在即，黑暗再次降临。为了拯救人类世界和叶罗丽仙境，叶罗丽战士们不畏艰险，勇敢回到了自然之力充沛的远古仙境，向当时正处于力量强盛期的仙子们寻求帮助，与此同时，灵犀阁也开始行动，设法解救被薇夫人控制的伙伴们，并牵制住十阶。面对强大的灾难，人类并没有被打倒，而是选择凭借智慧和勇气，齐心协力应对挑战。人类与仙子们团结起来，一场关于爱与守护的终极决战即将打响！
