由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
风浩完成了三年前的约定，打败了韵影，名声大噪。但危机还在靠近，暗影魔教伺机而动，...
第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪……
每个人都有不可告人的一面——这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔是个杀手。三人利害关系一致，便互相隐瞒身份，开始了共同生活。世界的和平，就掌握在这意外不断的临时一家人手中。
女王曼多拉统治着叶罗丽仙境，因为人类大肆的破坏自然环境，使其严重影响到了仙境的存亡与仙子的安危。曼多拉仙子认为人类都是自私自利爱破坏，不相信人类会自觉变好保护环境，所以想统治人类世界，将人类变成她的奴隶，重新治理被人类严重破坏的掉的自然环境。而辛灵仙子则认为人类会自己觉悟拯救环境，所以带领着勇敢的叶罗丽战士，与曼多拉仙子作斗争。
