神州浩土，万物有灵，与精灵结成伙伴的天才被称为御灵师。被封印百年的少年石大力意外遇到了来自平行世界的御灵伙伴九尾天狐青青，踏上了成为首席御灵师、寻找自己身世之谜和守护世界的道路。
雷欧（小野贤章 配音）是一名号称世界最强的勇者，拥有强悍实力的他抵御了魔王大军的侵略，从邪恶的魔王手中拯救了世界。可是，当和平重新降临大地之后，雷欧的强大开始让人们感受到了威胁，最终，雷欧被忘恩负义的人类赶出了圣都，踏上了流浪的旅途。心灰意冷的雷欧失去了一切，兜兜转转之中竟然来到了战败的魔王军领地，在这里，他找到了未来的方向，就这样，雷欧隐瞒了自己的真实身份，加入了魔王军。魔界最强埃凯德娜（本渡枫 配音）、头脑聪慧但抗压能力极差的修蒂娜（伊藤静 配音）、单纯坦率的兽人丽丽（大和田仁美 配音）、沉默寡言的暗杀高手米卢涅斯（内山夕实 配音），雷欧决定帮助四天王一起重整魔族军队。
在一次挖地超人制造的大混乱中，超人家庭大力神巴鲍伯（格雷格·T·尼尔森 Craig T. Nelson配音）和弹力女超人巴荷莉（霍利·亨特 Holly Hunter 配音）和他们的子女巴小倩（莎拉·沃威尔 Sarah Vowell 配音）、巴小飞（赫克·米尔纳 Huck Milner 配音）使出浑身解数，然而不仅不能抓住狡猾的敌人，而且还因为对城市破坏太大而导致失去了政府的支持。此后不久，电信集团大亨温斯顿·狄弗（鲍勃·奥登科克 Bob Odenkirk 配音）通过酷冰侠鲁休斯（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 配音）找到鲍伯一家，希望将该公司的前沿技术应用到超人身上，更好地维护世界和平。可是狄弗只希望雇佣荷莉，偏偏荷莉大展雄风，成为了所有超人族群的偶像，这可令担任奶爸的鲍伯心有不甘。
而就在此时，神秘对手悄然出现，似乎正试图摧毁荷莉他们所建立的新和平……
《魔笛奇遇记》讲述了一个充满悬念的少年英雄冒险的故事，美国加利福尼亚威尼斯海滩上的一个十几岁的普通男孩，由于偶然的机会，成为了一份可怕遗产的继承人，这份遗产是一支已经沉睡了3000年并具有无限魔力的笛子。
