戦争絶えぬ中世・百年戦争中のフランス。戦を嫌う処女で聖母の名をもつ魔女・マリアが夜な夜な戦場にサキュバスを遣わし、戦争をかき乱す。
距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终二人带领人类共同面对终极一战，少女休比也将面临恋人与生命的残酷抉择。末日来临，在251秒的时间里，赌上一场深情告白。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
秦羽在逐步了解神界的规则后，为了迎娶属于神界八大家族与自己身份悬殊的姜立，选择立志成为最强匠神，随后从剿灭山贼开始，成就上级神人，被圣皇看重成为新贵……一步一步最终达到了可以光明正大向立儿求亲的身份。可此时，面对立儿的众多“追求者”，无法抉择的姜家决定为姜立举办招亲，谁要能献上三件礼物压倒其它竞争者就能赢取姜立，秦羽为此历经艰辛，打造了前所未见的一流鸿蒙灵宝为最终的聘礼。本以为万无一失的他，却没想到在最后时刻，姜家竟然不顾公平，宣布周显获胜，秦羽就此爆发……
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
