京平是日本一个名为“SEEK”的秘密非政府间谍组织的刺客，他的女友在一场悲惨的空难中丧生，他正沉浸在失去爱人的悲痛之中。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX@”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，他们守护着日本和一切正义；忍者即将回归。
延续《黑夜传说》和《第九区》的剧情，狼人病毒像野火般蔓延，将无辜平民变成嗜血的狼群，整个曼哈顿都被隔离。只有核爆才能阻止这种可怕的病毒。
秀女（谢兰 饰）被土匪抢到西部小镇打算送给镇长（王自中饰）做妾，她趁夜色逃脱后被一牧民收留。歹人汤三（王戎 饰）贪恋秀女美色，奉上彩礼择日迎娶。收留她的表姐夫（李心敏 饰）不甘肥肉落入他人之口，娶亲前夜强暴了秀女。迎娶之日与镇长发生冲突，经比武后汤三如愿娶秀女回家。当夜发现秀女不是处女，气势汹汹到表姐家讨说法。从此秀女生活在汤三淫威下，出生的孩子被汤三在睡梦中压死。表姐夫出于内疚上门看望秀女，被早就心生嫉恨的汤三开枪打死。表姐（董娉 饰）找汤三算帐，不料被镇长的手下轮奸，精神完全崩溃了。在野外田间，秀女险遭歹人侮辱，被一过路先生（邓炜霖 饰）相救，这位先生是竟当局通缉的要犯......
元峰和萧百灵从小青梅竹马，元家和肖家也相处非常和睦。然而在一个元宵节的夜晚，萧父的烟花厂发生爆炸，萧父和在工厂工作的元母意外死亡，因为妻子的去世，元父元德隆恨透了萧百灵母女。尽管在元父元德隆强烈的反对下，萧百灵和元峰还是偷偷一直有来往。
明朝大将军贺英利用时空金球终于重返明朝，与锦衣卫兄弟萨獒获悉了倭寇和朝廷奸党之间足以倾覆皇权的密谋，绵延400年的惊天危机一触即发。贺英也在红颜知己小美的帮助下开始了抗倭锄奸和保护族人的战斗。
