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讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……
漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
故事发生在古代的南美洲一个帝国。这个帝国年轻的国王Kuzco虚荣心极重，为了大肆庆祝自己十八岁的生日，他决定在帝国首都附近的一座山上建立一座宫殿。山上世代在此生活的居民一时陷入了困境，村民Pacha来到皇宫请求Kuzco考虑下当地居民的处境，收回成命，但遭到Kuzco一口回绝。 于此同时，邪恶女祭司Yzma准备投毒杀害Kuzco夺取王位，但她的跟班Kronk搞错了毒药，误将变身药给了Kuzco吃。于是，Kuzco变成了一头骡马，并阴差阳的错上了Pacha的车去了山上的村庄。Yzma得知后，对Kuzco展开了一系列追杀，而Kuzco也在Pacha等人的帮助下展开了反击！
