随着MPU搬入新办公室，新任主管霍利斯·布劳恩督察也随之上任，此时接到报警电话，称一辆载满学生的城市巴士在校外旅行中失踪。小组利用一位曾试图阻止绑架的父亲的线索展开调查，同时杰森也联系了一位老同事寻求帮助。
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
威廉的讲话不仅对法庭产生了影响，也对整个学校产生了影响，因为希勒斯卡学校正面临着学校历史上最严重的危机。
以林远昊和林岚为代表的检察技术人员，运用先进的专业技术手段协助检察官突破疑难案件瓶颈，攻克“零口供”案件。野外碎尸案背后扑朔迷离的真相，迷雾重重的“国宝失窃案”裹挟着的利益团伙，光鲜亮丽背后，隐藏着无人知晓的龌龊与罪恶。多桩陈年旧案被逐一解决，直至最后林岚之父意外死亡的真相被揭开。三十多年的爱恨情仇，正义与邪恶的反复较量，用全新的视角解读检察机关在法治中国建设中的重大作用。
第五个季节集中在媒体行业。巴尔的摩太阳报面对利润的下滑、记者和新闻的数量减少、新闻质量下降的困境，如何报道被杀流浪者的新闻专题。第四季结束后的十五个月，市长Carcetti削减警局预算缩减教育赤字迫使案件调查中止。McNulty回到重案组，通过伪造证据制造了流浪者连环杀人案。暗自联系记者，得到社会关注，最终争取到市长支持查案。McNulty 将所得资源分配给警局的侦探使得多个案件取得重大进展……
28岁的松芳弘子（菅野美穗 饰）是JIDAI杂志最出色的编辑，因为在工作中能开启性别转换机关而让工作以高于平时3倍的速度完成，被昵称为“工作狂人”。相恋四年的男友山城新二（吉泽悠 饰）在建筑工地负责监工工作，工作同样繁忙的两人三个月都没有约会。每次好不容易敲定的日期最后总被弘子突如其来的工作破坏。JIDAI新近新人田中邦男（速水重道 饰）傲慢无理，直言自己的梦想是时尚杂志《HUGO》而非八卦杂志JIDAI，对工作态度漫不经心。指导田中的任务落到了弘子的身上，让弘子十分头疼。杂志社内，无论是后辈渚真由、同辈小瘤、菅原文哉还是主编和夫编，都十分欣赏弘子工作起来的拼命劲头，但也不能理解她总是把工作放在第一位的心理。只有弘子知道，自己不是重视工作胜过爱情，只是一旦有工作的命令发出，她的身体就不由自己控制。硬派但是闪闪发光的松芳弘子，在工作上一路狂奔，为了梦想付出自己的努力和汗水，同时亦要处理恋爱、家人和友情的关系。
