故事发生在被天空之壁分为三区块的假面骑士Build的世界，这里竟然出现了假面骑士Ex-Aid世界的敌人崩源体。面对神秘敌人而毫无应对方法的桐生战兔，他一筹莫展之时一个身体半边被金属覆盖的神秘男人在他眼前登场。 面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群假面骑士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开……
一个女孩继承了火箭人的角色，在她的小工具制造朋友的帮助下，他们开始了史诗般的冒险。
骊珠洞天破碎，少年陈平安肩负重任，护送李宝瓶等人前往大隋求学。路途凶险万分，既有大骊铁骑追杀，也有精怪鬼魅环伺。前有神秘剑客阿良现身相助，后有文圣，崔诚等人悉数登场。少年郎行万里路，挥百万拳，肩头既有草长莺飞也有责任使命。人间山水郎，踏上了他的成长征途。
新来的班导师木林呪理居然是个灵媒师，由于她的兴趣是降灵，因此动不动就在课堂上降灵附身或是天外飞来一句令人惊恐万分的话，不过理由都是为了教学或是出于善意要保护学生。对于降灵与超自然以外的领域一窍不通，再普通不过的日常生活，在她身上经常会有出人意表的发展，也因此闹出许多笑话。跟着木林老师一起来学着如何与生活中的妖怪和平相处吧。
