在位于阿帕拉契山脉的乡间小镇地底下，有座已燃烧数十年的废弃煤矿。一支研究小队前往该地试图找出当年矿坑起火燃烧的原因，却意外挖掘出更令人吃惊的恐怖秘密……
京平是日本一个名为“SEEK”的秘密非政府间谍组织的刺客，他的女友在一场悲惨的空难中丧生，他正沉浸在失去爱人的悲痛之中。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX@”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，他们守护着日本和一切正义；忍者即将回归。
公元2021年，资料除了透过电脑输送外，还可利用人脑运输。专业运输员尊尼为了运送更多资料，不惜洗去自己的记忆。一次任务中，尊尼被客户输入过量资料，若他不在二十小时内找到输出密码，他便会倒毙。另一方面，日本集团为了夺取他脑内的资料，也对他展开一场大追杀。
