《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
李献计是一位患有差时症的病人，一直以来，他都坐在电脑前玩一款据说没有打通关过的游戏，为此李献计不惜以卖肾为代价。李献计在高人指点下得知要想打通关这款游戏，就要花50万元买一种兴奋剂，为此李献计经历了一段充满传奇的旅程，可是因为差时症的原因，那段旅程在他记忆里被奇迹般地缩短了。李献计不顾一切想玩通关这款游戏是因为传言只要打通这款游戏，就可以回到过去，李献计想要回到和王倩分手的时候。功夫不负有心人，李献计终于打通关了这款游戏，可是结果却并不是他最初想象的那般，可是李献计并没有放弃，直到慢慢老去……
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
